1911年（清宣统三年）10月，辛亥革命爆发，为响应武昌起义，南通成立了军政府，张詧为军政府总司令，熊辅龙为军医处军医，在城南昭武院创办了南通医院。

　　1912年（民国元年）3月，张謇、张詧以私资又在南通城南昭武院旧址创“私立南通医学专门学校”，先设西医科。1913年，购地兴建医院为学生实习之用，初名“南通医院”，后改称“附属医院”。1917年增设中医科，中、西医科各设预科，学制一年；本科，学制四年。1919年下半年停办预科。1921年在教育部立案后，遵部章取消中医科。南通医学专门学校先后毕业西医本科生168名，中医本科生37名。

　　1927年，南通医学专门学校改为“私立南通医科大学”；1928年8月，与农科大学、纺织大学合并组成“私立南通大学”；1930年11月，又改名为“私立南通学院”，原医科大学乃为私立南通学院医科。改为医科大学后，学制五年，办了三届，第四届起学制改为六年。

　　1937年下半年，因日本帝国主义扩大侵略战争，南通学院被迫停课。1938年8月，农、纺两科迁沪复课，医科则随军移至湖南源陵，与江苏医学院合并为“国立江苏医学院”，南通学院医科由此中辍，1927年至1938年医科毕业生共237名。

　　1945年日寇投降后，在沪农、纺科一年级于1946年先迁回南通复课，并恢复医科。医科的恢复等于重建，教师队伍系重新组织，仪器设备系重新添置，为解决学生实习基地，购买了国民党政府接管的日寇所办“江北医院”为医科附属医院，医科学制仍为六年。

　　1949年2月南通解放后，医科招收五年制本科生，1952年秋开办了一期三年制医疗专科班。