1906年3月25日，清末状元、著名实业家、教育家张謇本着“父实业、母教育”和“民智兮国牢”的信念，偕其兄张詧捐赠私资，兴办“女学”，定名为“通州公立女子学校” 。张詧任总理，张謇任协理，聘请“桐城派”文学家姚鼐后裔范姚蕴素为校长。是年11月，“女子学校”改为“女子师范学校”，另外招生，原初高两等作为附属小学（简称“女师附小”）。这也是全国最早的师范附小之一。1909年，由于入学女子较多，旧校舍不敷应用，张氏兄弟又募捐筹款，购买市河岸建于明代的蓟辽总督顾养谦珠媚园遗址上的王氏楼房，以及周围民房，改建为新校舍，即为现在学校校址。次年8月师生迁入上课。“公立通州女子师范学校”和“公立通州女子师范附属小学校”同一校门出入，女师学生即在附小实习。其后学校又几易其名，至1958年，女师并入南通师范，学校也因此更为现名“江苏省南通师范学校第二附属小学”。