1966年，文化大革命开始，学校被诬为“黑基地”，领导和教师被冲击，或被下放和调离，正常的教学秩序被打乱。校园内美丽的荷花池被填平，茅亭等建筑被拆除，西南隅1200平方米土地被市中医院占用。1967年，学校建立了革命领导小组，黄宝丰任组长。同年，工人宣传队进驻学校。学校开始实行六年制。1970年2月，辛苦办学的缪镜心校长含冤去世。周琪调入本校担任革命领导小组副组长，全面负责学校工作。1976年，周琪被正式任命为校长，工人宣传队撤离。在这段非常时期，学校广大教工仍坚守在教学第一线，积极贯彻“五七”指示，开门办学，开展学工、学农、学军活动，努力消除“读书无用论”对学生的影响。学校还借附近单位礼堂对全市开课，受到社会的欢迎。