在解放战争时期，学校师生为反对独裁，争取民主和自由，开展了一系列斗争。1946年3月，进步的文艺晚会经常在学校二部举行（1946年2月，学校接受“江苏省立南通实验小学”为“二部”）。17日，南通文艺协会在本部召开成立大会。18日，欢迎“军事调查处”执行小组的文协队伍，在二部集中出发。19日，南通文艺协会在本部举行了茶话会，新华社记者吴青和樊发源向聚集在学校大操场千余名青年作了简短演说。反动当局残酷镇压这一革命行动，杀害了许多文艺青年（其中有在珠媚园工作的女师校长钱素凡先生），制造了震惊中外的“三•一八”南通惨案。面对白色恐怖，不少教师仍坚持斗争。学校的代课教师、中共南通城市工作委员会学委书记屈元，和教师王一林（市学委委员）、王婉兰、潘月泉、潘舜新（皆为中共党员），团结本校和其它学校教师，先后为保障职业、反对当局克扣学生尊师献金、索取欠薪和辅助费、提高生活津贴、抵制“戡乱大单元”教学和“染色政策”，进行了英勇的斗争，并取得一定的成果。教师不仅在经济上稍有改善，而且提高了觉悟，加强了校内和校际间教师的联系和团结，扩大了中国共产党在教师中的影响。1949年寒假，在中共地下组织的领导下，学校进步教师参加了护校斗争，使学校设施免受损失。解放后，学校坚持继承和发扬这一光荣传统，始终加强爱国主义教育，激发学生爱国主义情感。每年清明节时，学校都会邀请“三•一八”惨案的烈士钱素凡夫人孙术来校向学生讲述史实，开展祭扫活动，缅怀先烈，继承遗志。