1908年，张謇借也是自己创办的通海五属公立中学（今南通中学）的教室附设了“银行专修科” 及“初等商业学校”。

    1912年，“初等商业学校”正式改称“乙种商业学校”，专门培养商业人才。
    为了扩大办学规模，培养更多的人才，1914年春，张謇与其三兄张詧和当时的通崇海商务总会总理刘桂馨等筹集银元1.7万元,征收城南兴化禅寺（即西寺）的部分庙房和附近的一些民房（约占地40余亩），建立了新的商业学校，定名为“南通私立甲种商业学校”。张謇任名誉校长，张詧与刘桂馨均任校长，张謇独子张孝若任“视察”。

    1917年，新校舍竣工，张謇特地书写了“忠信持之以诚，勤俭行之以恕”为校训。

    1927年，由于原学监荒于职守，董事会明令停止办学，加以整顿，并由徐赓起任董事长，王其章任校长，校名更为私立商益初级中学，学校办学性质由职业学校向普通中学转化。
    抗战期间，通城沦陷，1937年学校迁址金沙镇北顾家灶，其间学校增设高中，改名为南通私立商益中学。

    1939年再迁如东潮桥镇朱家园，直到1945年8月抗战胜利返回通城，原校舍抗战时期被日本警察署占领，此时又被国民党军队占驻，师生只好暂借城北小学（现实验小学）上课，1946年底迁回原址上课。

    1952年春，学校改为公立学校，校名改为南通市初级中学二部。1953年再改为南通市第二初级中学。

    1966年秋，文化大革命开始，学校停课。
 
    1968年春，成立校革委会。

    1970年春，学校复课。

    1972年秋，设置高中部，校名改为南通市第十二中学。原教学楼（红楼）拆建为三层教学楼。

    1984年，原校北部木制二层小楼拆建成五层教学楼。

    1991年，兴建银杏楼。

    1992年10月26日，学校八十校庆。

    1993年，市教育局在学校南边兴建“南通市教工之家（九州饭店）”（2001年学校收回，改建为现在的忠信楼）。

    1995年，学校收购原大生厂办事处，兴建实验中心。

    1997年，由普通中学升格为市重点中学。

    2002年10月26日，学校九十校庆。

    2004年12月启秀中学顺利晋级江苏省三星级学校。

    2005年4月，遵照市政府、市教育局关于部分学校布局调整的指示，启秀中学合并了西公园中学，组成了新的南通市启秀中学。